1.檔案存儲問題

檔案存儲過于分散，而且容易丟失，存放不同類型的實體檔案沒有分類造成諸多問題。

2.檔案查找問題

檔案的長期保存，形成了大量的實體檔案，由于檔案類型多，檔案存量大，檔案存儲分散，沒有分類等問題，造成檔案查找困難。

3.檔案安全問題

檔案館（室）沒有加強防盜保護措施，對于珍藏的重要檔案，是應予以重視的安全隱患，一旦被盜，將是檔案館的重大損失，檔案管理人員的嚴重失職。